程序公平：所謂程序公平，即績效管理的體系科學公平，程序規范公正，結果透明公開。首先，事業單位的性質決定了其考核指標的量化程度低、標準化程度低，在這樣的前提下，如果再不能很好地解決程序公平問題，則考核的公信力將大受影響；其次，績效考核體系的建設需要在實踐中不斷積累和摸索，而事業單位績效考核剛開始全面推行，案例、經驗、數據庫等都不完善，因此，需要先從程序的規范入手，因為程序的規范難度相對較小；第三，通過程序的固化，可以引導全員觀念的轉變，由傳統的為發獎金而開展的年終考評轉變為為實現目標而進行的績效管理。實現程序公平，首先需要領導的高度重視，其次需要通過培訓令大家理解、認同績效管理的意義與目的，第三要設計科學、規范、可操作的程序，第四要引入軟件等方法，將績效管理程序固化、標準化，使之能夠可持續執行，避免“一陣風、運動式”的績效考核。

　　標準公平：所謂標準公平，對于績效管理的要求則更高，它要求績效管理的目標能夠轉化為一套具有領先性、體系性、可操作性的指標和標準并有效分解到被考核單元（組織、部室、崗位），同時，通過配套的數據收集與管理體系，對每個被考核單元給出客觀、公平的評價。

　　事業單位績效考核的終極目標是要做到標準公平。所謂標準公平，體現在四個關鍵點：首先，一個績效管理良好的組織，其績效考核的整體指向必然是組織的戰略或經營目標，因此，事業單位的績效考核工作要做好，首先要有單位的戰略或年度目標，因為這才是績效考核真正的目的和方向。應該說，這方面事業單位的基礎還是有的，一般都有每年的工作計劃和工作報告，這是一個很好的基礎條件。其次，需要有一套程序、一個部門或崗位負責分解上述目標，形成針對中層以上管理人員和科室的考核指標，我們稱為“戰略解碼”，這項工作是一項長期性的工作，每個季度、每個月都需要跟蹤指標的完成情況、并根據環境變化進行調整。第三，需要建立分層分類的崗位考核指標庫，以及針對科室負責人的績效考核培訓體系。只有分層分類，才能體現不同崗位的工作責任和工作特點；而科室負責人是績效考核的中間層，只有這一層級的管理人員熟練、技巧、規范地使用績效考核的方法，才能夠把單位給予自己的考核壓力有效地傳遞到基層，并根據表現給予每一位員工科學、客觀的考核結果。第四，需要建立一套數據的收集和評估程序。需要財務和相關業務科室提供的數據，要明確責任人、數據提交時間、數據報送口徑；需要考核小組、述職會或360度評價的，要建立盡可能詳盡的評價標準或“目標錨”；需要外部評價的，要做好外部評價機構的選擇、管理和審核工作。